Od pewnego czasu nurtuje mnie pytanie, czy generując nową mapę nowe linki powinny znajdować się na końcu czy na początku?? Czy tym nowym nadawać większy priorytet ??

Kolejność nie ma znaczenia.
Natomiast jak masz dużą mapę to pewnym rozwiązaniem jest stworzenie drugiej dla nowych podstron.
poczytaj tu jest wszystko:
http://www.sitemaps.org/

Mogą być i na początku mapy to teoretycznie by było lepsze rozwiązanie.