Oczywiście macie rację że to się da zrobić w miarę dobrze (jednak zwykle widzę to wdrożone bardzo źle).
Tylko że jednak to do końca nigdy nie spełni swojego egzaminu jako alternatywa dla linków, np:
Osoba z włączonym JS nie przekaże poprawnie działającego linku osobie z wyłączonym js i na odwrót, statystyki nie będą działać poprawnie (wiem, że to też można po części emulować), czy "naturalne" linki będą prowadziły zawsze na główną domenę (google nie uznaje hashy).
Po prostu cholernie się narobicie a strona nigdy nie będzie tak kompatybilna jak na normalnych linkach, 90% naturalnych linków ponadto będzie (w rozumieniu google) kierować do głównej domeny, bo będą je umieszczać ludzie z włączonym js (więc będą w formie domena#costam), tracicie możliwość zmiany tytułu strony, określenia description, etc. Po prostu harakiri jeśli chodzi o SEO (no chyba, żeby założyć, że domena nie będzie linkowana naturalnie, więc sami sobie dodacie odpowiednie linki na zapleczówki) ale to moje zdanie